A történetünk egy Sugomori nevű városban játszódik, melyet a Kizuna Rendszer tesztelésére hoztak létre. A rendszer lehetővé teszi, hogy bizonyos kiválasztottak – a Kiznaiverek – egymás között elosszák a fájdalmukat, így ezáltal megmentvén egymást akár a halálos sérülésektől is. A program célja a világbéke megteremtése az egyenlően elosztott fájdalom segítségével.
Főhősünk Agata Katsuhira, aki nem érez fájdalmat és félelmet sem, pedig mióta az eszét tudja kezdenek ki vele emberek, s verik össze. Egy ilyen eset után találkozik egy osztálytásával Sonozaki Noriko-val. A nem túl kellemes találka után egy ismeretlen kórházszerű helyen találja magát másik 5 személy társaságában. Nemsokára közlik velük, hogy akaratukon kívül részesei lettek a Kizuna rendszernek, mint Kiznaiverek, akiket a hét „módosított” főbűn alapján választottak ki.
Innentől kezdve muszáj együttműködniük, hogy elkerüljék a fölösleges fájdalmat, valamint teljesíthessék a kapott küldetéseiket.