Főszereplőnk Takatsuke Tazuna egy átlagos középiskolás diák, aki ideje nagy részében különböző dolgok javítgatásával foglalkozik. A történetünk kezdetén éppen az egyetemre tart, mivel egy professzor megkérte, hogy javítson meg valamit.
Odaérvén Tazuna azonban senki sem talál, csak egy lezárt orvosi szobát, benne egy alvó lánnyal. Természetesen az ajtó magától kinyílik, s Tazuna - az emlékektől ittasan – észre sem veszi, hogy a lány – Koyori – felébredt, s megfogta a kezét.
Innen azonban már nincs megállás, ugyanis Handshakerekké váltak, s belekveredtek Ziggurat valóságába. Ezen a helyen Handshakerek harcolnak egymással szemben a Nimród nevű fegyverükkel, hogy a végén - kívánságuk teljesítése miatt - kihívhassák magát Istent is.