Az emberiség a kihalás szélén áll, hála a Kabaneri-knek, melyek egykor emberek voltak. A kabaneri-k zombikhoz hasonlítanak, mivel emberi húst esznek, ám végleges megölésük csakis a szívük elpusztítása után következik be. Sajnos ez a feladat szinte lehetetlen.
A Kotetsujou egy vonat, mely a fennmaradt állomások ellátásról gondoskodik, áthaladva a fertőzött területeken is. Az érkezése után befut egy másik vonat is éjjel, azonban az tele van kabaneri-kkel, így az állomáson eluralkodik a káosz, s ezzel egyidejűleg a pusztítás is.
Főszereplőnk Ikoma egyike a gőzkarbantartóknak, aki otthonában próbál egy olyan fegyvert fejleszteni, amellyel egyszerűen végezni lehet a szörnyekkel. A támadás estéjén ez sikerül is neki, ám megharapják. Véleménye szerint ez nem egy átok, így megfékezhető a kór…