A történetről röviden: minden előzmény nélkül megjelent egy idegen flotta a tenger mélyéről, akit az emberiség Mélységieknek nevezett el. Sokkal fejlettebb technológiájuknak köszönhetően kiszorítottak minket a tengerekről, uralmuk alá vonva azt. Azonban van a kiválasztották, a Flotta Lányok, akik a múltszázadok csatahajóinak lelkét birtokolják.
Főhősünk Fubuki, éppen megérkezik a főhadiszállásra, hogy csatlakozzon a Hármas Torpedó Századhoz. Bár egyike a legerősebb csatahajótípusnak, mégsem volt még harcolni, s az első közvetlen megmérettetésén is csúfos kudarcot vall. Ez azonban őt nem tartja vissza, hogy fogadalmat tegyen: elkezd edzeni, hogy erősebb legyen, s egy nap majd együtt harcolhassan Akagi-senpai-jal, a Flotta egyik legjobb harcosával.