Történetünk valamikor a távoli jövőben játszódik. Addigra már a városok csupa hatalmas felhőkarcolókból állnak, s katonai fejlettségünk is elérte a tetőfokát. Főhősünk Teito Klein, egyike a Barsburg Birodalom Katonai Akadémiájának diákjainak, mégsem mondható átlagos embernek… Természetesen amnéziája van, s az emlékei pont a sorozat kezdetén igyekszenek a felszínre törni. Emellett kiderül az is, hogy az igazgató nevelte, s „harcos szolgaként” tartották. Mindezek ellenére neki is, mint végzősdiáknak meg kell írnia a záróvizsgát, mely során eldől kiből lesz vezető, s kiből egyszerű alárendelt.
A vizsga során valóban megmutatkozott, hogy Teito valóban erős harcos, ám mégsem ölte meg ellenfelüket, mivel nem tartotta „valós” ellenfélnek, lévén ez csak a vizsga miatt lett így. A vizsga végén azonban megjelent Ayanami tábornok, aki végzett a rabbal, s kijelentette Teito-nak, hogy gyáva.
Teito az éjszaka során egyre több dolgot tudott meg múltjából, sőt még arra is rájött, kinek köszönheti árvaságát! Ez a személy nem más, mint Ayanami. Ezek után érthető, hogy Teito rögtön megtámadta Ayanami-t, amint alkalma nyílt rá. Természetesen nem járt sikerrel, sőt még el is fogták! Az este folyamán azonban Mikage, Teito legjobb, s talán egyedüli barátja, eljött kiszabadítani őt. Teito ekkora már megölte az őreit, s hogy Mikage-t ne keverje bajba, elhitette a katonákkal, hogy csak túszként vitte magával, s egyedül elszökött.
Szerencséjére papok találtak rá, akik elvitték a templomukba. A templomok pedig érintetlen területeknek számítanak a katonák körében, így ott nem érheti el Ayanami keze sem…