2000. szeptember 13.-án egy meteor csapódott a Földbe az Antarktisznál. Ennek következtében a jég megolvadt, a tengerek szintje megnőtt, a part menti városok megszűntek létezni. A hőmérséklet emelkedett, egyre több lett a járvány és a polgárháború. Az UNO székhelye az újjáépített Neo-Tokyo 3 lett. 2013-ra az emberek száma alig haladta meg a 3 milliárd főt.
Azonban csak kevesen tudják, hogy mi volt az igazi oka az Antarktisz jegének megolvadásakor. Egy dr. Katsuragi által vezetett expedíció során egy humanoid lényt találtak. A Qumran tekercsek szerint ezek a lények fogják elhozni 2015-re az Apokalipszist. (Ezeket a tekercseket egy bizonyos Seele csoport birtokolja, akik az Apokalipszis angyalait felhasználva akarják az embereket egy újabb, magasabb, istenibb szintre emelni.) Miután a lényt felébresztették (aki mint kiderült Ádám volt), megsemmisítette önmagát, s a keletkezett robbanás következtében olvadt meg az Antarktisz jege.
Azóta a Seele, valamint leányvállalatai az Agy és Marduck felemelkedtek. Az Agy azóta Evangelionokat, mesterséges létformákat  „gyárt” az elpusztult Ádám és belőle kiszedett Lilith maradványaiból. Ám a gyártásuk során különös dolgok történtek. Egy EVA-pilóta felakasztja magát, egy dolgozó öngyilkos lesz, míg a másik Ikari Yui eltűnik. Ezek után az Agyat feloszlatták, s a Marduck pilótákat keres, akiknek nincsen anyjuk, s a katasztrófa után születtek. Egyikük Ikari Shinji, az eltűnt Ikari Yui fia.
2015-ben Shinji-t apja, aki a NERV vezetője Neo-Tokyo 3-ba hívatja. Shinji-t amint megérkezik, berakja az UNIT 01 nevezetű EVA-ba, s harcolnia kell. Ezek után Katsuragi Misato-ra bízza, aki nem éppen a megfelelő személy a fiú gyámjának. Shinji ezentúl Neo-Tokyo 3-ban jár iskolába, az eddig egyedüli pilótával Ayanami Rei-el. Shinji kételkedni kezd, hogy valóban jó pilóta lesz belőle, miután egy ártatlant is megsebesített. Elszökött a NERV-től, de később barátai segítségével visszajött. Hamarosan egy új pilóta érkezik a bázisra Asuka Soryu Langley személyében, aki tökéletes ellentéte Rei-nek.
Na de vajon sikerül megállítaniuk az Angyalokat?  Shinji kzelebb kerül valaha is Rei-hez vagy Asouka-hoz? Nézzétek meg, és megtudjátok :)

by: Midoriko13/Kikyou