Van egy szervezet, mely a világ összes ügyét az ellenőrzése alatt tartja. Egy 13 személyből álló különleges bérgyilkos-osztaggal rendelkezik, akik egyedi fegyverekkel harcolnak, s a testükön egy római számot ábrázoló tetoválás van.
Train Heartnet a 13 bérgyilkos egyike, aki azt a küldetést kapta, hogy hatástalanítson egy biofegyvert. Ám ez a fegyver egy Eve nevű lány testében van! Train meg is találja, de nem semmisíti meg, mert Sven a lány mellé áll. Hamarosan Train találkozik Saya-val, aki a barátnője lesz, s első igazi „emberi kapcsolata”. Emiatt Train kilép a szervetetből, ám Creed a vezér ezt nem nézi jó szemmel, s megöli Saya-t. Ezután Train célja, hogy bosszút álljon, ám ez nem lesz könnyű, mivel Creed-nek még vannak emberei…