Kamiya Touma csodás képesség birtokában van. Jobb kezével képes minden ártó dolgot, varázslatot, s különböző mágikus trükköket semlegesíteni. Mindenki örülne egy ilyennek, csakhogy ez a képessége a jó szerencséjét is elűzi, így egész életében kénytelen balszerencse sorozatok közt élni.
Touma az iskolák városában, Gakuen Toshi-ban él, s a nyári szünet első napján egy furcsa, 12 éves apácát talál az erkélyén, akit Indexnek hívnak, s aki bevezeti a mágia világába. Állítása szerint rengeteg mágikus dolog történik körülöttünk, s a mágia igenis létezik. Valamint azt is közli, hogy egy könyvtáros, s több mint 103.00 könyvet tárol magánál.
Touma persze nem hisz neki, de hamarosan érdekes emberek kezdik el keresni Indexet.. Touma elhatározza, hogy segít Indexnek, s nem hagyhatja magára őt..
Itt kezdődik tehát a kalandok sorozata, mikor Touma -nak akár egy villámcsapást kell túlélnie, vagy éppen mágusok hada akarja máglyán égetni őket. Mindeközben pedig a „célszemély”, Index sincs igazán tudtában annak, hogy ki is ő valójában…