A történetünkben az emberek a föld alá kényszerültek, s kisebb falvakba tömörültek. Próbálnak egyre lejjebb terjeszkedni, a jobb életkörülmények reményében. Már senki sem hisz a felszínben, s annak élhetőségében. Kivéve egy fiút Kamina-t, akinek eltökélt szándéka kijutni a bolygó felszínére. Ennek ellenére mégsem ő a történetünk elsőszámú főhőse, hanem legjobb barátja Simon, a 14 éves árva, aki egy földrengésben vesztette el a szüleit. (a föld mélyen gyakoriak a földrengések, úgymond állandóan félelemben élnek miattuk) Kamina ráveszi barátját, hogy vágjanak neki az útnak, ám őt elfogják, s börtönbe zárják. Eközben Simon talál egy mechát, amit minden áron meg akar mutatni barátjának. Elmegy kiszabadítani őt, s visszatérnek a robothoz, amit Kamina el is nevez Lagann-nak. Természetesen egyik anime sem lenne tökéletes a faluba pottyant, és arra rátámadó óriás mecha (egy Gunman) nélkül. Ekkor jelenik meg a 3. főhősünk Yoko, akinek segítségével, meg persze Simon és Lagann párosával legyőzik a robotot. „Dolguk” végeztével meg sem állnak a felszínig, ahol mint kiderült rengeteg Gunman „él”…