Történetünk idején a Föld egy katasztrófa után „lábadozik” és csak az emberiség által alkotott Zónákban van élet…
Shion a 12 éves fiú éppen a szobájában van, amikor is megérkezik a tájfun, és ő kimegy az erkélyre ordítani… Miután visszament „vendége érkezett” egy ismeretlen fiú személyében, akiről kiderül, hogy Nezumi-nek hívják és egy körözött személy. Shion ellátja Nezumi sebeit, ételt és menedéket biztosít számára. Másnap megérkezik hozzájuk a város által kirendelt egység, akik nem nézték jó szemmel, hogy segített egy bűnözőnek. Shion-nak elvették a jogát, hogy a speciális osztályban tanulhasson, s édesanyjával el kellett költözniük otthonukból.
4 évvel később Shion már a városnak dolgozik parkfelügyelőként, ahol egy nap munkatársával felfedeznek egy halott öregembert, akiről kiderült, hogy mindössze 31 éves… Nemsokára a munkatársa is meghal a szeme láttára, s pillanatok alatt megöregszik, majd egy darázs mászott ki a nyakából. A város emberi természetesen mozgásba léptek, s mivel Shion volt akkor a közelében (plusz még azelőtti mondatai miatt) bűnösnek tekintik, és el akarják vinni a büntetés végrehajtó szervezethez, ám a semmiből felbukkant Nezumi, és megmenti Shion-t. Shion-nak menekülnie kellett a 6-os Zónából, s közben próbálja kideríteni, hogy hogyan állíthatja meg a darazsakat.
Ez nem lesz könnyű feladat, lévén sem tudása, sem eszköze nincs a feladathoz, ráadásul Nezumi utálja a 6-os Zónát, s közölte Shion-nal, hogyha továbbra is meg akarja menteni a várost, akkor ellenségek lesznek…