Az alkímia világában élünk.Edward Elric és Alphonse Elric tiltott emberi transzmutációt hajtanak végre, s ennek következtében Ed elvesztette a bal lábát, öccse pedig az egész testét; ám Ednek sikerült az utolsó pillanatban testvére lelkét egy páncélba zárni jobb keze árán.
Később elhatározták, hogy állami alkimisták lesznek és megkeresik a bölcsek kövét, mellyel félredobhatják az alkímia ősi szabályát „ Ahhoz, hogy létrehozz valamit egy azzal egyenértékű dolgot kell feláldoznod”.
Az animében a két fivér történetét kísérhetjük végig, s fény derül a kormányban eddig titkolt cselszövésekre is, valamint szintén tiltott régebbi kísérletekre, és egy egész nép ellen elkövetett gaztettkre is.
Vajon sikerül megszerezniük a Bölcsek Kövét, s visszanyerniük régi testüket? Mindezek után is képesek hinni azokban a dolgokban, emberekben, s elvekben, melyeket eddig megingathatatlannak tartottak?